Tudo começou em 30 de abril de 1813, quando o cônego João Ferreira de Oliveira Bueno, tesoureiro-mor da Catedral de São Paulo, encaminhou ao bispo Dom Mateus de Abreu Pereira o pedido oficial de criação da Freguesia de Capivari, sob a proteção de São João Batista. O bispo escreveu ao rei Dom João VI, pedindo a criação da freguesia, fato que ocorreu cinco anos depois. O próprio rei escreve exigindo a definição do lugar exato onde se iria edificar a igreja.
Em 5 de junho de 1820, foi assinada provisão com a qual ficou criada a capela curada. Em fins de julho do mesmo ano, após longa viagem pelo caminho de Itu, chegava a Capivari o primeiro capelão, padre João Jacinto dos Serafins. No dia 11 de agosto de 1820, foi rezada a primeira missa na capela, construída antes mesmo do povoado.
Quando o sacerdote chegou, encontrou o barracão de uma capela, ainda inacabado, situado num terreno todo murado que incluía o cemitério, removido só no começo do século 20, onde hoje é a Praça da Matriz. Seis anos depois, em 11 de outubro de 1826, foi instalada a freguesia (paróquia), com a posse do primeiro vigário, padre Inácio Francisco de Moraes.
Em 10 de julho de 1832, foi criada a então denominada “Vila de São João Batista de Capivari de Baixo”. Este fato é considerado como a fundação de Capivari. No Brasil, à época, era costume que as cidades fossem fundadas e crescessem em torno das capelas e das igrejas. Capivari é um exemplo desta tradição.
Foi Padre Inácio que decidiu construir a nova matriz existente até hoje. Ele também fundou um colégio na cidade e foi o primeiro professor e boticário do município. Seu corpo está sepultado em uma cripta dentro da Igreja.
Mais tarde, com o crescimento da cidade, foi necessário o desmembramento territorial da Paróquia São João Batista e dela surgiram as Paróquias São Benedito e Nossa Senhora de Fátima, em Capivari, Nossa Senhora de Lourdes, em Rafard e São Pedro, em Mombuca.
Párocos
Em 189 anos de história, muitos foram os sacerdotes que levaram a Palavra de Deus ao povo, além de atuarem como administradores e ajudarem na construção da Matriz. Um belo templo, com um presbitério todo em madeira e com afrescos que encantam a todos que vão à Igreja para participar de celebrações e fazer orações.
Os primeiros padres a dirigir a paróquia foram Melchior de Pontes Amaral (1827), Antônio Luiz Peralva (1829), Cândido Lúcio de Almeida e João Alves de Siqueira (1836). Em 1839 assumiu a paróquia o padre Fabiano José Moreira de Camargo, com os vigários-coadjutores Antônio Correa Pimentel e Francisco de Paula Lima. Padre Fabiano se destacou na história da cidade e da paróquia, que dirigiu por 35 anos.
Depois dele vieram muitos sacerdotes que deram continuidade à obra de Deus. Atualmente a paróquia é administrada pelo padre Jucimar Bitencourt.